起源于1936年成立的伪满新京市立特别医院眼科，现任学科带头人为苏冠方教授，现任中华医学会眼科学分会常务委员。眼科诊疗中心是国内先进、东北地区一流的眼科医疗、教学、科研和防盲治盲中心，是国家临床重点专科建设项目单位、国家眼耳鼻喉疾病临床医学研究中心吉林省分中心、国家住院医师规范化培训骨干师资培训基地、国家药物临床试验机构眼科专业、吉林省重点学科、吉林省医学会眼科学分会主任委员单位，是吉林省眼科质量控制中心、吉林省眼病防治中心、吉林省眼科学重点实验室、吉林省眼科学工程实验室、吉林省防盲办公室依托单位。在最新的中国医院科技量值（STEM）排行榜中位列全国第18名。

中心由眼底病、青光眼、白内障、眼眶病与眼整形、斜视与小儿眼病、眼表疾病与眼整形美容、眼内科、视光学、角膜屈光等共9个亚专科组成，现有医护技人员230人，正高级30人，副高级28人，博士学位75人，博士生导师11人，硕士生导师41人。目前开放床位数314张，年门诊量30余万人次，年出入院人患者及住院手术2万余人次。中心在全国首批开展微创玻璃体视网膜手术、鼻内窥镜下眼眶微创手术、微小切口白内障超声乳化手术、青光眼前房引流物植入术、复杂斜视手术、飞秒激光小切口角膜基质透镜取出术、抗VEGF眼内注射治疗新生血管性疾病等技术。