吉林大学第二医院是“吉林省继续医学教育工作先进单位” 、“吉林省社区卫生人员岗位培训工作先进集体”。医院眼科、妇产科、心血管内科、骨科、肾病内科、普外科、内分泌科、影像医学与核医学科、放疗科、皮肤性病科、急诊医学科(护理)是2010年吉林省卫生厅批准的首批省级继续医学教育基地，基地数量占省内总基地数量的37%，位居省内各医院之首。

医院充分发挥医院教育资源和学科优势，每年申请举办国家级、省级、校级继续医学教育项目达百余项，并作为省级基地为省内县级地区开展培训讲座，收到良好效果。为方便医护人员学习新知识，医院开展远程学习、网上学习等多元化、个性化培训，以提高医护人员的技术水平和能力，更新医学知识及服务理念。