始建于1961年，学科带头人高洪文教授，现任中华医学会病理学分会常务委员，中国医师协会病理科医师分会常务委员，中华医学病理学分会头颈疾病学组组长，吉林省医师协会病理科医师分会主任委员，长春市医学会病理专业委员会主任委员及《中华病理学杂志》编委等职。科室建立女性生殖系统、头颈部、胸部、乳腺、男性生殖及泌尿系统、分子病理及科研等亚专科，并担任相应中华医学会病理学分会亚专科学组委员。科室现有人员42人，其中医生22人：教授（主任医师）3名，副教授（副主任医师）3名,博士生导师2名。科室年轻医生先后获国家青年自然基金等项目，为中华医学会病理学分会及中国医师协会病理科医师分会青年委员。年对外疑难病理会诊约3000例，截止到2020年，病理活检总量达83.6万余例，居全省之首。2009年在国内率先开展了病理大体标本摄影及病理数字网络系统，建立了国内最大的病理标本图像数据库。2013年省内首家免疫组化室通过国家病理质控中心认证，同年在省内率先建立分子病理检查平台。2014年科室聘请日本东北大学病理部主任笹野公伸教授为我院首位吉林大学名誉教授，已和日本东北大学、日本岡山大学及韩国首尔大学等附属医院病理部建立了的合作关系。科室为国家首批临床重点专科建设项目单位，已通过国家验收；为吉林省肿瘤分子病理诊断重点实验室项目单位，在吉林省临床病理领域发挥学术带头和引领作用。